给exe程序签发证书，主要涉及以下几个步骤：
一、申请代码签名证书

选择证书颁发机构（CA）：
可以从商业证书颁发机构（CA）获取代码签名证书。这些机构会提供可信的证书，以确保您的exe程序在数字签名后能够被操作系统和最终用户信任。
申请人必须是单位，个人通常不能申请。
提交申请信息：
确定好单位名称及申请exe软件签名证书的负责人，并提交相关信息到CA进行申请认证。
提交的信息可能包括单位名称、联系方式、域名或邮箱地址等，用于实名认证。
实名认证与审核：
CA会根据提交的信息进行实名审核，这个过程通常很快，可以在1个工作日内（12小时工作时间）完成。
审核通过后，CA会颁发代码签名证书。

二、准备签名工具

获取SignTool.exe：
SignTool.exe是一个命令行工具，包含在Windows SDK中，可用于使用代码签名证书对文件进行签名。
确保您的设备上安装了最新版本的SignTool.exe，或者从Microsoft Developer Network（MSDN）网站下载并安装。

三、签名exe程序

以管理员身份打开命令提示符：
因为签署可执行文件或应用程序需要管理员访问权限。
使用SignTool命令签名：
在命令提示符窗口中，导航到exe程序所在的目录。
使用SignTool命令和您的代码签名证书对exe程序进行签名。命令格式大致如下：

bash
signtool sign /f <证书路径> /p <证书密码> /t <时间戳服务器URL> <exe程序路径>

/f 指定代码签名证书的文件路径。
/p 指定证书密码（如果证书需要密码）。
/t 指定时间戳服务器的URL，这是一个可选步骤，但推荐添加，以确保签名在证书过期后仍然有效。
<exe程序路径> 是您要签名的exe文件的完整路径。

四、验证签名

签名完成后，使用SignTool的验证命令来验证exe程序的数字签名是否成功。命令格式如下：

bash
signtool verify /v <已签名的exe程序路径>

验证命令将显示有关数字签名的信息，包括发布者、证书详情和签名时间等。

五、分发与测试

在确保exe程序已正确签名后，可以将其分发给用户或进行部署。
在不同的系统和配置上测试软件的安装，以确保数字签名被识别并且软件可以顺利安装。

注意事项

确保从可信的CA获取代码签名证书，以避免潜在的安全风险。
在签名过程中保持谨慎，确保签名证书和密码的安全。
如果使用USB令牌等硬件安全模块来存储证书私钥，请确保在签名过程中正确连接和使用它们。

通过以上步骤，您可以为exe程序签发证书，以增加其安全性和可信度。