开发好的软件申请Windows软件的数字签名证书，主要是出于以下几个重要原因：
一、确保软件的安全性和完整性

防止篡改：数字签名证书通过加密算法对软件代码进行唯一标识，确保软件在分发和使用过程中未被未经授权的第三方修改或植入恶意代码。这有助于保护用户的设备免受病毒、木马等恶意软件的侵害。
验证身份：数字签名证书将软件与开发者的真实身份关联起来，用户可以通过验证签名来确认软件的来源是否可靠，避免下载到仿冒或恶意的软件。

二、提升用户信任度

显示发布者信息：经过数字签名的软件在安装时，Windows系统会显示软件发布者的名称和证书信息，这有助于用户判断软件的来源是否可信，从而增加用户对软件的信任度。
减少安全警告：未使用数字签名的软件在安装时可能会触发Windows系统的安全警告，提示用户软件来源未知或可能存在风险。而经过数字签名的软件则能够避免这种不必要的警告，提升用户体验。

三、符合Windows系统的要求

系统兼容性：Windows系统对软件数字签名有明确要求，未使用数字签名的软件可能无法正常运行或受到系统限制。因此，为软件申请数字签名证书是确保其能够在Windows系统上顺利运行的重要步骤。
应用商店上架：如果开发者希望将软件上传到Windows应用商店等平台进行分发，通常也需要提供数字签名证书以证明软件的合法性和安全性。

四、保护开发者的知识产权

数字签名证书能够绑定软件作者的身份和创作时间，形成不可抵赖的证据链。这有助于打击盗版行为，保护软件开发者的知识产权权益。
五、增强品牌信誉和市场竞争力

当软件拥有有效的数字签名时，意味着它已经过权威机构或开发者自身的严格认证。这不仅能够提升用户对软件的信任度，还有助于树立良好的品牌信誉和增强市场竞争力。

综上所述，为开发好的软件申请Windows软件的数字签名证书是保障软件安全、提升用户信任度、符合系统要求、保护知识产权以及增强品牌信誉的重要措施。因此，明智的软件开发者会将数字签名作为标准流程纳入软件发布的必备环节。